Fubu_By, тут сначала руками сделай эмуляцию, что реально отдаётся ботам.
В панели wmt и яндекс.вебмастер сделай проверку страниц, посмотри как отдаются они на самом деле.
Посмотри может нагрузку создают не боты гугла и яндекса, а например ia_achiver или как там его. Соотвественно можно выборочно локнуть клоунов.
Ну и напоследок можно в wmt в настройках указать скорость пожирания + поставить в шаблоне тег типа как часто обновляется страница, это тоже снизит нагрузку